شاركت الدكتورة رباب عمران راضي من كلية العلوم بمناقشة في كلية الطب / جامعة بابل لطالب الدكتوراه ذو الفقار احمد خليل اسماعيل عن اطروحته الموسومة (التنوع الوراثي لبعض أنواع trichophyton المعزولة من المرضى المصابين بالفطريات الجلدية )، تضمنت الدراسة جمع 150 عينة تشمل جميع الأعمار ومن كلا الجنسين وتم تشخيص إصابتهم بالتهاب فطري جلدي في عيادات الخارجية للأمراض الجلدية في مستشفى مرجان التعليمي والعيادة الخارجية للأمراض الجلدية في مستشفى الصادق التعليمي، وتم تشخيص هذه العينات من قبل أطباء الامراض الجلدية في الفترة ما بين أبريل وأكتوبر 2022. وتم تشخيصها باستخدام اختبار البيوكيميائية والاوساط الزراعية واستخدام specific primer العينات ( 150) التي تم جمعها خلال الدراسة تم عزل 50 عينة فقط من أنواع Trichophyton المعزولة عن طريق الفحص المجهري المباشر (10% هيدروكسيد البوتاسيوم ) أو الزراعة على الاوساط الزرعية واختبار البيوكيميائية . وتم التأكد من تشخيص أنواع Trichophyton باستخدام PCR حيث أظهرت النتائج أن 27 عزلة فقط أعطت تحديد لجينات نوعية شملت 16 (59.26%) من Trichophyton mentagrophytes و 7 (25.93%) من Ttrichohpyton rubrum و 4 (14.81%) من Ttrichophyton violaceum
استخدم الباحث الكشف الجزيئي لدراسة بعض عوامل الضراوة واستخدمت طريقة (MLST) للتحقق من القدرة التمييزية، والتكاثر، والعلاقة الوراثية بين 15 عزلة. تعتمد بيانات التسلسل التي تم الحصول عليها لـ MLST لتحديد الهياكل التي تحلل مدى اختلال الارتباط بين الأليلات للعلاقات التطورية بين 15 عزلة، على جينات housekeeping sequence السبعة المستخدمة بشكل متكرر لتحليل MLST : ITSو BT2و TEF-1?و ACT وHSP70, وD1/D2 وCaM .
أظهرت الدراسة شجرة التطور والنشوء ان جميع عزلات Trichophyton متعدد العرقيات وكشفت عن مجموعتين متميزتين، المجموعة A تحتوي على 13 عزلة والمجموعة B تحتوي على عزلتين فقط. وفقا للملف الاليلى وجد متغير اليلي (SNP، اضافة أو الحذف) بين العزلات في حالة HSP70 كان أكثر تنوعًا من housekeeping sequence الستة الأخرى، على عكس CaM الذي كان الأقل تنوعًا.
كشفت الرسوم البيانية للجينات السبعة (ITS وBT2 وTEF-1? وACT وHSP70 وD1/D2 وCaM) عن شبكة تشبه هياكل متوازي الأضلاع مما يشير إلى أن إعادة التركيب بين الجينات قد حدثت خلال تاريخ تطور هذه الجينات.
بينت هذه الدراسة التمييز بين السلالات ذات الصلة Trichophytone Mentagrophytes (6TR ,7TR) باستخدام التسلسل الجينومي الكامل. وأشارت النتائج ايضا إلى أن كروموسومات Trichophytone Mentagrophytes 6TR7 ,TR تختلف بشكل كبير, وفيما يتعلق بالبيانات الأولية في Trichophytone Mentagrophytes 6TR فقد تم إنتاج 683.778614 ميكا من قواعد النيوكليوتيدات وكان إجمالي التسلسلات 4.531292 ميكا . بلغت نسبة المحتوى 49.06% .اما Trichophytone Mentagrophytes ( (TR7تم انتاج 2.443309 كيكا من قواعد النيوكليوتيدات وبلغت المتتابعات الكلية 16.319284 م . بعد تحليل الجينوم، أظهرت جميع الجينومات المدروسة Trichophytone Mentagrophytes (6TR و7RT) أنماطًا مختلفة من الأحداث التطورية (إعادة ترتيب الجينوم والاضافة أو الحذف ) مع بعضها البعض أو مع الجينوم المرجعي.
بحث الطالب الخريطة الجينية لعلم الجينات وموسوعة كيوتو للجينات وكانت النتيجة اظهرت أن علم الجينات كانت مقسم إلى ثلاث فئات رئيسية والتي تشمل الوظيفة الجزيئية والمكونات الخلوية والعملية البيولوجية. وكذلك موسوعة كيوتو للجينات والتي يمكن تصنيفها إلى ست فئات رئيسية تشمل عملية المعلومات الجينية، والمعالجة البيئية ، والعمليات الخلوية، والتمثيل الغذائي، والأمراض البشرية والنظام العضوي .
اظهرت الدراسة تنقسم عائلات الإنزيمات النشطة للكربوهيدرات (CAZy) إلى خمس فئات، التحلل المائي للجليكوسيد (GHs)، واسترات الكربوهيدرات (CEs)، والناقلات السكرية (GTS)، والأنشطة المساعدة (AA) ووحدة ربط الكربوهيدرات (CBM)علاوة على ذلك، كشفت النتائج على أن متغيرات SNPs غطت العدد الأكبر من أعداد المتغيرات في جميع الجينومات المدروسة (6TR و7TR)، حيث تم تحديد 70362 (97.65?) من متغيرات 6TR على أنها SNPs بينما تم تحديد 687 فقط (0.95?) و1006 (1.4?). من العدد الإجمالي لمتغيرات 6TR التي تم اكتشافها كعمليات اضافة وحذف وكذلك من إجمالي 629423 متغيرًا تم تحديدها في جينوم 7TR، تتألف أشكال SNP من 565184 (89.79?) بينما تم تحديد 32667 (5.19?) فقط من عمليات الإدراج و31572 (5.02?) من عمليات الحذف.
كذلك تم إجراء تحليل النشوء والتطور لجينومات Trichophyton mentagrophytes (6TR و7TR) لتحديد أقرب الجينومات Trichophyton mentagrophytes TIMM 2789. تشترك هذه السلالة في تماثل عالٍ مع سلالات 6TR و7TR ، وتم تجميعها مع نفس الفرع الحيوي لكل واحدة مما يشير إلى نفس الاصل.